Water dat tijdelijk in een bergingsgebied wordt opgevangen kan schade veroorzaken. Bijvoorbeeld aan de landbouw. De Waterwet regelt een recht op schadevergoeding als het waterschap waterbergingsgebieden onder water laat lopen. Voor de procedure voor afhandeling van schadeclaims geldt de Procedureverordening schadevergoeding Hunze en Aa’s 2010.
In aanvulling op het recht op schadevergoeding, dat in de Waterwet is opgenomen heeft het waterschap de Beleidsregel schadevergoeding bergingsgebieden vastgesteld. Deze beleidsregel is van toepassing op gebieden, die voor waterberging zijn ingericht en in het bestemmingsplan zijn geregeld. De Beleidsregel garandeert een volledige vergoeding van alle schade die als gevolg van het onder water zetten is ontstaan. Het gaat bijvoorbeeld om schade aan gewassen en natuur, woningen en bedrijven, infrastructuur, bedrijfs- en inkomensschade, omzetderving, kosten voor herstel van de bodemstructuur en eventuele evacuatiekosten.
Bij het afhandelen van de schadeclaims geldt de omgekeerde bewijslast. Dat is geregeld in de eerder genoemde procedureverordening en betekent dat de gedupeerde niet hoeft aan te tonen dat de schade het gevolg is van de waterberging. De schade wordt geacht te zijn veroorzaakt door de waterberging, tenzij het tegendeel kan worden bewezen. Dit wordt beoordeeld door een onafhankelijke adviescommissie, die ook wordt ingeschakeld voor het bepalen van de schade.