De Waterwet regelt het beheer van oppervlaktewater en grondwater, en verbetert ook de samenhang tussen waterbeleid en ruimtelijke ordening. Daarnaast levert de Waterwet een flinke bijdrage aan kabinetsdoelstellingen zoals vermindering van regels, vergunningstelsels en administratieve lasten. 

De Waterwet vervangt de bestaande wetten voor het waterbeheer in Nederland:

Met de Waterwet zijn Rijk, waterschappen, gemeenten en provincies beter uitgerust om wateroverlast, waterschaarste en waterverontreiniging tegen te gaan. Ook voorziet de wet in het toekennen van functies voor het gebruik van water zoals scheepvaart, drinkwatervoorziening, landbouw, industrie en recreatie. Afhankelijk van de functie worden eisen gesteld aan de kwaliteit en de inrichting van het watersysteem.

Een belangrijk gevolg van de Waterwet is dat de huidige vergunningstelsels uit de afzonderlijke waterbeheerwetten worden gebundeld: zes vergunningen uit de bestaande 'waterbeheerwetten' gaan op in één watervergunning. Voor de gebruiker betekent dit vooral minder administratieve handelingen. Voor het bevoegde gezag betekent het dat de vergunning aan álle aspecten van het waterbeheer moet worden getoetst. 

Iedereen in Nederland leeft met water. Daarom heeft ook iedereen in Nederland, direct of indirect, met de Waterwet te maken. Toch richt de Waterwet zich vooral op overheden die betrokken zijn bij het waterbeheer in Nederland: het Rijk, de provincies, de gemeenten en de waterschappen. De overheden staan gezamenlijk aan de lat voor het op orde krijgen en houden van een duurzaam watersysteem tegen maatschappelijk aanvaardbare kosten. In de Waterwet worden taken, bevoegdheden en instrumenten opgenomen om invulling te geven aan deze zorgplicht van de overheid. De Waterwet richt zich ten slotte natuurlijk ook tot de gebruiker van het watersysteem.

Voor handelingen in het watersysteem moet een watervergunning worden aangevraagd. Denk aan het lozen van afvalwater op het oppervlaktewater, het onttrekken van grondwater of het bouwen van een steiger. In de vergunning worden voorschriften gesteld ter bescherming van het watersysteem. Zoveel mogelijk handelingen echter zullen met algemene regels worden gereguleerd. Wanneer dit het geval is hoeft er geen vergunning te worden aangevraagd. Hierdoor verminderen de lasten voor burgers en bedrijven.

Het lozen van afvalwater op het riool wordt geregeld door het gezag dat bevoegd is voor de Wet milieubeheer, namelijk de gemeente of provincie (afhankelijk van categorie inrichting).

De Waterwet brengt nogal wat veranderingen in de waterbeheerwetgeving.

Meer informatie over de Waterwet is onder andere te vinden op www.helpdeskwater.nl/wetgeving en beleid

VROM wil de verschillende vergunningen (maar ook ontheffingen en andere toestemmingsvereisten) voor wonen, ruimte en milieu zoveel mogelijk samenvoegen. De bedoeling is dat in de toekomst één vergunning volstaat: de omgevingsvergunning. Het aangewezen bevoegd gezag voor de Wabo is het gezag dat bevoegd is voor de Wet milieubeheer.

Medio 2010 zal naar verwachting de Wabo van kracht worden en gaan gemeenten en provincies met de nieuwe vergunning (de omgevingsvergunning)  werken. Tot die tijd blijven verschillende vergunningen bestaan.

Met het van kracht worden van de Waterwet vervalt de bevoegdheid van het waterschap voor lozingen op het riool. Per 22 december 2009 gaat de bevoegdheid over naar het Wm bevoegd gezag (de gemeente of provincie).

Medio 2010, als de Wabo van kracht wordt, worden deze lozingen integraal geregeld in de omgevingsvergunning.

Alle bedrijven die toestemming van de overheid nodig hebben voor het verrrichten van activiteiten die gevolgen hebben voor de leefomgeving (bijvoorbeeld lozen van afvalwater op het riool, bouwen, verbouwen, slopen, aanleggen, kappen en andere activiteiten waar nu een milieuvergunning voor nodig is).

De wijziging treedt naar verwachting medio 2010 in werking.

Met het van kracht worden van de Waterwet vervalt de bevoegdheid van het waterschap voor het verlenen van een Wvo vergunning voor indirecte lozers. Deze bevoegdheid gaat over naar het Wm bevoegd gezag (de gemeente of provincie).