Naast het verstrekken van vergunningen controleert het waterschap ook of deze goed nageleefd worden. De handhavers van het waterschap hebben als taak om het nakomen van afspraken over het gebruik van water te bevorderen.  Zij gaan regelmatig op pad om te controleren of aan de voorschriften wordt voldaan.
Voor de watervergunning betekent dit dat tijdens bedrijfsbezoeken de lozingssituatie wordt gecontroleerd. Er worden dan onder andere monsters genomen van het te lozen afvalwater. Deze monsters worden vervolgens geanalyseerd, zodat nagegaan kan worden of het bedrijf voldoet aan de in de vergunning gestelde lozingseisen.

Overtreding
Voor de watervergunning geldt dat in geval van overtreding het waterschap overgaat tot handhaving. Het waterschap is bevoegd die maatregelen te treffen die nodig zijn om verdere nadelige gevolgen te voorkomen, zoveel mogelijk te beperken of ongedaan te maken (bestuursdwang). De kosten van dergelijke maatregelen komen voor rekening van de overtreder. Het waterschap is daarnaast bevoegd tot het opleggen van een dwangsom en tot het geheel of gedeeltelijk intrekken van de vergunning/ontheffing. Bovendien kan door het opmaken van proces-verbaal strafrechtelijk worden opgetreden.