Een waterschap bestaat uit diverse bestuurscolleges en een uitvoerende organisatie. Het waterschap Hunze en Aa's heeft een:

Algemeen bestuur en een
Dagelijks bestuur.

Beide besturen worden voorgezeten door de dijkgraaf.

Secretaris-directeur
Harm Küpers
(0598) 693260

De secretaris-directeur vormt de schakel tussen het bestuur en de ambtelijke organisatie. Hij is enerzijds de secretaris van het bestuur en is in die hoedanigheid aanwezig bij de vergaderingen van zowel het dagelijks als het algemeen bestuur. Anderzijds is hij directeur van de uitvoerende organisatie.

Elke ochtend wordt u wakker zonder zorgen over wateroverlast. U ziet boeren hun gewassen telen. En op een warme zomerdag lonkt een frisse duik in het meer of de plas. Het lijken vanzelfsprekendheden, maar het tegendeel is waar. Niet voor niets houdt waterschap Hunze en Aa’s zich dagelijks bezig met het water in Noord-Groningen en Noordoost-Drenthe. We zorgen voor schoon en voldoende water. Voor sterke dijken die u beschermen tegen overstromingen. En voor waterwegen die goed bevaarbaar zijn. We houden daarbij rekening met de verschillende belangen van natuur, landbouw en recreatie. Zodat iedereen in ons werkgebied prettig en veilig kan wonen, werken en recreëren.

Dijkbeheer Het beschermen van het gebied tegen wateroverlast en overstroming door het beheren en onderhouden van de zeedijk en boezemkaden.

Waterkwantiteitsbeheer De zorg voor de hoeveelheid oppervlaktewater door het beheersen van het waterpeil in sloten, beken en meren en de zorg voor een goed evenwicht tussen de aan- en afvoer van oppervlaktewater.

Waterkwaliteitsbeheer De zorg voor de kwaliteit van het oppervlaktewater door het zuiveren van het rioolwater in rioolwaterzuiveringsinstallaties, het verstrekken en controleren van lozingsvergunningen en het onderzoeken van de waterkwaliteit.

Vaarwegbeheer De zorg voor de vaarwegen door het op diepte houden van de vaargeul, het beschermen van de waterkanten tegen golfslag en het bedienen van sluizen en ophaalbruggen.

Muskusrattenbestrijding Muskusratten en beverratten graven gangenstelsels en holen in dijken en oevers. Dit gaat ten koste van de stabiliteit van de dijken en zorgt voor afkalving en het inzakken van oevers. De aan- en afvoer van water komt hierdoor in het gedrang. Muskusrattenbestrijders zijn bevoegd de ratten op te sporen en te vangen.
In de provincie Groningen wordt de bestrijding verzorgd door mensen van de provincie,  telefoonnummer (050) 541 65 82