Het algemeen bestuur bestaat uit 23 leden.

Eens in de vier jaar wordt het algemeen bestuur gekozen uit de inwoners van het waterschapsgebied (de 16 zetels van de categorie 'ingezetenen' en de belangengroeperingen LTO, Kamer van Koophandel en het Bosschap (de zogenaamde 7 geborgde zetels)

Het algemeen bestuur is het hoogste bestuurorgaan van het waterschap. Het algemeen bestuur bepaalt de hoofdlijnen van beleid en het budget. Daarnaast stelt dit bestuur de belangrijkste regelingen en verordeningen vast. Het algemeen bestuur controleert  de uitvoering van de wettelijke taken van het waterschap en de besteding van de budgetten.

De dijkgraaf is de onafhankelijke en onpartijdige voorzitter van het algemeen en dagelijks bestuur. Hij zorgt voor de besluitvorming in deze beide bestuursorganen. Verder is de dijkgraaf bij uitstek de ambassadeur van het waterschap – iets wat natuurlijk ook de andere bestuursleden zijn.  De dijkgraaf wordt voor een periode van zes jaren benoemd door de Kroon.

De adviseur van het algemeen bestuur is de secretaris-directeur van het waterschap. Hij stuurt de ambtelijke organisatie aan. Hij is ook adviseur van het dagelijks bestuur.

Het huidige bestuur is op 8 januari 2009 geïnstalleerd.  

Bestuursnet is van en voor bestuursleden van het waterschap Hunze en Aa's.